Zu welchem Zeitpunkt sich im Schutze der einstigen „Hesleburg“, dem Gebiet des heutigen Schlosses, die ersten Siedler niederließen, ist nicht bekannt. Unter der Bezeichnung „Borchtorp“ wird Burgdorf erstmals im Jahre 1243 erwähnt. Vorher hatte man den Ort wahrscheinlich Asla, Assle und Assel genannt, wie verschiedenen älteren Urkunden zu entnehmen ist.

Burgdorf entstand aus der Zusammenlegung zweier Siedlungen, zum einen aus dem „Alten Dorf“, zum anderen aus der Wüstung „Steinum“, deren Bewohner sich nach der Wüstwerdung des Ortes, deren Datum nicht genau bekannt ist, am Ostrand des „Alten Dorfes“ ansiedelten.

In der Zeit um 1000 gehörte   Burgdorf – wie viele andere Orte der heutigen Samtgemeinde Baddeckenstedt auch – zum Ambergau. Später war es eine Ortschaft des Herzogtums Braunschweig-Wolfenbüttel und zählte zu dessen Amt Lichtenberg, das von 1789 bis 1792 nach Salder verlegt wurde. Seit 1966 gehörte es zur Samtgemeinde Burgdorf-Assel, die sich 1974 mit der Samtgemeinde Innerstetal zur Samtgemeinde
Baddeckenstedt zusammenschloss.

Im Jahre 1540 zählte man im Dorfe 37 Anwesen, unter ihnen zwei Meyerhöfe, 13 Kothöfe und acht weitere Hofstellen.

Der Dreißigjährige Krieg brachte auch Burgdorf Not und Elend. So brannten beispielsweise am 5. September 1634 sechs Häuser ab. In dieser Zeit (1663) lebten im Dorf 127 über 14 Jahre alte Menschen.

Drei Soldaten aus Burgdorf fielen im Befreiungskrieg von 1815 gegen Napoleon. 16 Burgdorfer verließen in den Jahren 1846 bis 1865 ihr Heimatdorf, um in Amerika ihr Glück zu suchen. In der gleichen Zeit – von 1841 bis 1864 – erfolgte auch die Neuverkoppelung der etwa 420 Hektar großen Feldmark. Ein Jahr später, 1865, wurde auch eine Zuckerfabrik gebaut.

Die beiden Weltkriege kosteten insgesamt 61 Männern aus Burgdorf das Leben: 24 fielen im Ersten, 37 im Zweiten Weltkrieg.

1840 wohnten in 65 Häusern 607 Menschen, 1905 waren es in 94 Häusern 588. Danach sank die Einwohnerzahl bis 1939 auf 467, stieg aber bis 1946 auf 841 an, von denen jedoch 323 Flüchtlinge
und Vertriebene waren. Am 31. August 1998 gab es 741 Einwohner, die unter anderem im Sportverein Eintracht, im Männergesangverein Eintracht und in der Freiwilligen Feuerwehr die Möglichkeit haben, sich zu betätigen.

Das Baujahr der Kirche ist nicht bekannt, wahrscheinlich wurde sie bereits im 12. Jahrhundert gebaut. Die
erste schriftliche Nachricht über den Bau stammt aus dem Jahre 1616, als ein Fenster erneuert wurde. 1727 bis 1732 wurde für 1095 Gulden eine größere Reparatur ausgeführt, der später etliche weitere folgten.

Nachdem 1953 das Turmdach neu eingedeckt worden war, erfolgte von 1963 bis 1965 eine umfangreiche Kirchenrenovierung. Einen eigenen Pfarrer hatte Burgdorf schon immer, eine Schule besaß der Ort bis 1976.

Das zweite bemerkenswerte Gebäude ist das in den Jahren 1779 bis 1783 von Georg Heinrich Gottschalk von Kniestedt errichtete Herrenhaus, das heutige Schloß. Es steht auf dem Gelände der einstigen Hesleburg (Asselburg), von der lediglich noch eine etwa 50 Meter lange Umwallung mit einem vier Meter tiefen Graben vorhanden ist. Über die Grafen von Assel gelangte sie in welfischen Besitz und verlor nach dem Bau der Burg Lichtenberg ihre Bedeutung.

1596 wurde Arndt von Kniestedt vom Braunschweiger Herzog mit den Gütern der ausgestorbenen Linie derer von Assel belehnt. Die Familie von Kniestedt bewirtschaftete das Anwesen bis 1834. Da sie keine männlichen Erben hatte, wurde es zunächst an einen Sandhagen, 1836 an Carl August Adolph von Cramm aus Lesse verpachtet, der das Gut 1845 kaufte und seinen Wohnsitz von Lesse nach Burgdorf verlegte.

Die Familie von Cramm blieb bis 1910 in Burgdorf. Danach wurden viele Ländereien verkauft, den Rest sowie Schloss und Park erwarb Freiherr Robert von Dobeneck, der 1926 starb. Seine Witwe Maria heiratete 1927 den Grafen Stanislaus von Strachwitz. Sie starb 1943, der Graf 1979. Die Erben verkauften 1985 den Besitz an den Kaufmann Werner Haase, der in der Folgezeit erhebliche Mittel in die Instandsetzung der einzelnen Gebäude investierte.

Das heutige Schloss Burgdorf wurde 1779 bis 1783 von Georg Heinrich Gottschalk von Kniestedt als Herrenhaus auf dem Gelände der ehemaligen Burg erbaut, von der nur noch ein Teil des Walls und des Burggrabens erhalten ist. Bis 1834 wurde das Herrenhaus von der Familie von Kniestedt bewirtschaftet, die bereits seit 1596 im Besitz des Geländes und der Güter der ehemaligen Asselburg war. Darauf folgte die mit den Kniestedts verwandte Familie von Cramm bis 1910. Danach wechselte es mehrfach den Besitzer. Seit 1985 wurden die einzelnen teilweise verfallenen Gebäude wieder instand gesetzt. Seit 1994 stehen das Schloss, die Parkanlage mit ihrem Baumbestand und die Toreinfahrt unter Denkmalschutz.